Pagrindinis CNC frezavimo staklių veikimo procesas paprastai apima įjungimą, grįžimą į atskaitos tašką, programos įvestį, ruošinio suspaudimą, įrankio nustatymą, apdirbimą ir maitinimo išjungimą. Eksploatacijos metu reikia laikytis saugos darbo procedūrų, tokių kaip tinkama apranga ir tinkamas avarinio sustabdymo mygtuko naudojimas.
CNC sistemos valdymo skydelis paprastai susideda iš CRT monitoriaus, MDI skydelio ir staklių valdymo skydelio. Programavimas yra esminis CNC frezavimo staklių valdymo įgūdis, apimantis tiek rankinį, tiek automatinį programavimą.
CNC staklėse, pvz., apdirbimo centruose, dėl ilgesnio įrankio tarnavimo laiko ir mažesnio triukšmo, įkalinimo frezavimas tapo standartiniu pramonės-pjovimo metodu.
Pjovimo parametrų parinkimas turi atitikti tam tikrus principus: grublėtuoju būdu siekiama aukšto metalo pašalinimo greičio, o apdailinant – aukštą paviršiaus kokybę. Pagrindiniai parametrai, tokie kaip pjovimo greitis Vc ir stalo pastūma F, gali būti apskaičiuojami naudojant formules.